En Hypoxylon howeianum, justo bajo la corteza., se pueden ver gránulos de color rojizo o anaranjado vivo, que mediante el KOH liberan pigmentos de ese mismo color. Los gránulos pueden ser de color diferente según las especies y liberar compuestos de colores muy diversos. La taxonomía del género, se apoya mucho en esta circunstancia. Para ello, sólo hay que coger un pequeño fragmento del estroma, ponerlo sobre un papel blanco, añadir una gota de KOH al 10% y observar el color obtenido, que en este caso es rojizo.

Las esporas de H. howeianum son más bien pequeñas, poseen una hendidura germinativa muy inconspicua, que abarca la totalidad de la longitud esporal (señalada con flecha blanca) y desprenden su perisporio, o membrana que rodea la espora, flotando como si fuese el pellejo de una judía, cuando le añadimos KOH.
Tanto la morfología de la hendidura germinativa, como su longitud, así como la dehiscencia o indehiscencia del perisporio, son caracteres que habitualmente se utilizan en la taxonomía del género.
Por último, señalar que en Hypoxylon, el aparato o anillo apical, que en este caso se vuelve azulado en el reactivo de Melzer, es siempre más ancho que alto, mientras que en otros géneros próximos como Nemania, Rosellinia o Xylaria, es siempre más alto que ancho, en forma de sombrero de copa.